紧靠着木叶村的山谷夜里突发大水，而且冒出来的还是浓稠如墨汁一般的黑水，这自然第一时间就惊动了村子里巡逻的忍者。

暗部也迅速做出反应，派出人员前往查探的同时，连夜向三代火影和波风水门汇报了这个情况。

木叶村的组织能力和忍者的执行力都非常出色，一系列行动并没有引起村子的骚乱，村民们也都大多不知所觉，依然沉睡在自己甜美的梦乡里。

但近日来到木叶的各国忍者几乎都是本国的精锐，木叶的异常还是引起了他们之中不少人的注意。这些人都在猜测木叶究竟发生了什么，一些交好国家的忍者甚至连夜互通消息，希望吃到第一手的好瓜。

当暗部开始进行调查的时候，上杉真司和大蛇丸已经离开了研究所了。暗部最终得出的调查结果就是，大蛇丸带着一名不明身份的忍者洗劫了根组织的实验室。

根据根组织实验室中残留的人体实验的痕迹，暗部目前的推测就是两方可能因为实验出现了冲突，大蛇丸出手盗取了根组织的实验成果。

当然，即使木叶明令禁止人体实验，大蛇丸的这次行动也跟伸张正义搭不上边。暗部搜查了大蛇丸的住所，发现大蛇丸早已经清空住所里的东西，基本也可以判定他叛逃木叶。

三代火影和波风水门得到暗部回报的时候，波风水门极为震惊，而三代火影也表现得极为震惊。

波风水门对于根组织和大蛇丸进行人体实验的事并不清楚，而三代火影对于对此早就知晓了，只不过一直以来他都是睁一只眼闭一只眼。甚至于大蛇丸会叛逃，三代火影心中隐隐都有了一丝预感。

波风水门和三代火影经过一番商议之后，决定关于根组织偷偷进行人体实验的事情在木叶内部暂时先压下，等到火影继任仪式结束之后再处理。

至于几乎已经确定叛逃的大蛇丸，则出动一支暗部精锐去寻找他的踪迹，待找到之后再安排力量将其逮捕回木叶。

此时三代火影和波风水门都还不知道，原本准备等自己弟子正式就任火影之后再离开的自来也，已经独自一人去追大蛇丸了。

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